“维斯顿井”是位于海洋与陆地之间的一个异世界。那是一个深海与天空共存的世界，以地热和人的“灵气之力”为源头，甚至妖精费拉里奥与黑暗混沌共存。 A国的地方领主德雷克·拉夫特为了增强军事实力，试图吸引拥有强大气场的地表人类。其中一人，翔扎马，被授予灵气战士丹拜因，并被视为圣战士。然而，当他遇见叛逆者尼伊·吉文和他的追随者，地球女孩玛维尔·弗罗兹时，他面对了一些令人费解的话语。 “一个什么都不知道却帮助德雷克的愚蠢男人。”最终，“维斯顿之井”的冲突发展成为一团巨大的战争阴云，并席卷了地面世界。
在人类和人造人共存的世界——人造人少女 Ruge 与搭档 Naomi 一起，在火星上执行某项任务。任务内容是，“消灭与政府敌对的 9 名人造人”。人造人少女 Ruge 的战斗故事由此展开——
故事讲述无聊的神明们制作了一个终极益智游戏《诸神的游戏》，从冰里长眠3000年，热爱游戏的前神明少女レオレーシェ苏醒后做出宣言，「带上这个时代最会玩的人！」，而被指名的フェイ是备受期待成为「近年最强的新人」的使徒，两人共同挑战难度极大且还没有人类能完全攻略的《诸神的游戏》。
喧嚣嘈杂的东京，都市人为了生计奔波劳碌，承受着巨大的压力，当一切逼近极限时，悲剧不可避免地上演。
本片是以神木高中“古典部”为舞台，围绕四个部员折木奉太郎、千反田爱瑠、福部里志、伊原摩耶花展开的校园推理剧。神木高中一年级生折木奉太郎是一个“节能”主义者，他信奉“不必要的事不做，非做不可的事就尽快解决”，过着“灰色”的高中生活。不参加任何社团的他，却因为姐姐的拜托而加入了濒临废部的“古典部”。在古典部他结识了好奇心旺盛的千金小姐千反田爱瑠，国中好友福部里志、伊原摩耶花也相继加入古典部。
在地球的遥远彼端的星球上，有一个充满笑容的王国。
舞台是2030年的东京。东京近郊一带突然观测到了高频率的共鸣音，同时城市被红雾覆盖。而且，听到这声音的，不论动物还是人类，全都失去了意识。随着首都机能的麻痹，政府暂时将首都机能移往大阪，并预测这一现象为实体不明的病毒，出于对瘟疫的担忧而封锁了东京。但就在这一“大共鸣”发生6天后，失去意识的人们好像什么都没发生过一样地醒来了。之后，封锁都市·东京逐渐取回了城市机能，但以这一天为分界线，各种各样的“异常事件”开始发生，人们开始接连被更进一步的非日常所侵蚀。在此之中，还存在着解放了隐藏在血中的力量、觉醒为“英血之器”的年轻人们——他们被彼此的力量所吸引，不容拒绝地相遇，心灵相通，互相杀害，逐渐被残酷的命运连环所吞噬。
