《星学院Ⅲ之潘朵拉秘境》是“星学院”系列的第三部，主要讲述了菲洛、小月、美星三位魔法少女进入潘朵拉奇幻社就职的故事：菲洛和伙伴们通过在星学院的学习，成长为优秀的魔法师，并且即将面临毕业考核。然而这时，她们意外被卷入一场魔卡精灵的失踪事件。与此同时，瑞拉国王突然病重、潘朵拉魔卡风靡一时、王国大臣神秘消失，一切事件的背后似乎埋藏着十年前的一个惊天秘密。为了查明真相，菲洛和伙伴们加入潘朵拉奇幻社，成为极光组的一员。
山野少年江寒为寻父母踏上修真路，意外激活母亲遗留之物天兽鼎，觉醒无上神通！从此逆天改命！战天斗地！在诸神陨落的战场上血战万族，以凡躯杀出一条通天之路！誓为人族搏一个煌煌未来！
机智勇敢的龙宝们与邪恶大魔王展开了一段惊险刺激对抗，经历重重关卡解救了被愤怒烟雾控制的恐恐小镇居民们。
宁静的小镇村住着一位神秘的尤教授，他通过科学实验创造出了三个拥有超级力量的完美女孩，她们的名字分别是：泡泡、毛毛和花花。泡泡的性格在三人之中最为天真开朗，毛毛的性格在三人之中较为暴躁易怒，花花则是天生的领袖和代言人，她们三个人互相帮助，补足对方的不足，组成了以惩奸除恶为终极使命的“飞天小女警”组合。在小镇村内设有专线供村民们呼叫飞天小女警前往帮助他们，小女警们的首要任务就是与各方反派势力斗智斗勇。三位超能小女警需要在小镇需要她们的时候出动，打击罪犯，用自己无与伦比的“女孩力量”守护家园和身边的小镇居民们。在本季中，小女警们将花费一整天的时间探索尤教授的实验室，并发现里面其实有令她们意想不到的秘密。
孤单伫立于京都寺町三条商店街的古董店“藏”。女高中生真城葵偶然地与“藏”店主的儿子家头清贵相识，并开始在“藏”打工。清贵虽然言行举止很温和，却具备令人恐惧的敏锐直觉，人称“福尔摩斯”。葵和清贵一起，开始受理与客人所带来的古董有关的各种各样的委托。
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