“信号塔大战”后，熊大、熊二和光头强的缩小器再度遗失。三人组合继续留守不夜城，找寻缩小器的回家之路更是状况频出，但他们从未放弃希望，最终与小动物们合力拯救小镇，呈现了一场精彩惊险的微观世界冒险之旅。
在遥远的上古时期，拥有神秘力量的“东皇钟”被秘密封存，一分为四放于四处遗迹。如今，邪恶组织“猎影团”企图集齐神钟以掌控世界。为阻止这场浩劫，天才神探诸葛九九临危受命。她将携手两位性格迥异的伙伴——胶布与幽灵，组成精英夺宝小队，与猎影团展开一场横跨全球的夺宝竞速。从变异丛生的幽灵岛到黄沙漫天的沙漠金字塔，再到暗流涌动的都市舞会，他们必须破解千年机关，甩开致命追击，抢先集齐四块神器碎片，守护世界的和平。
