接續前作“哥吉拉X機械哥吉拉”的故事，一年前與哥吉拉（Godzilla）的決戰，機龍（機械哥吉拉Mechagodzilla）受損程度37%，失去了右腕及終極武器-絕對零度炮。
　　維修組員中條義人在八王子基地負責修復機龍的工作。某日中條在他叔叔信一的別墅家渡假時，嬰兒島的小美人精靈竟然出現在他們眼前。小美人給他們一個忠告：人類用哥吉拉骸骨製造出機龍是個嚴重的錯誤，如果出動機龍，摩斯拉就會變成人類的敵人。於是信一設法說服老友也是身為總理大臣的五十嵐，希望能中止機龍的計劃。但就在此時，太平洋又出現哥吉拉的影蹤…

大正九年，身穿浴袍的青年（松田洋治 饰）在一间昏暗封闭的房间内醒来，隔壁不断传来少女的哀号，他失去了记忆，完全想不起自己的姓名和来历。这时，自称九州帝国大学精神科教授的若林镜太郎（室田日出男 饰）走入房间，他向青年讲述了一件很久以前发生在中国的悲惨故事，并认为远古祖先脑中的记忆通过某种方式传给了这名叫做吴一郎的青年。上一任精神科院长正木（桂枝雀 饰）曾对此进行深入研究。

《解剖学灭绝》是西村喜洋执导的一部独立电影，2008年被重拍为《东京残酷警察》。该片曾荣获1995年夕张国际奇幻电影节“非剧场”竞赛单元评审团特别奖，也是导演的处女作。

　高中生佐藤翼（石田卓也 饰）的生活一团糟，母亲早年去世，妹妹小爱（谷村美月 饰）自出生起便如木头人一般毫无知觉，而同年好友佐藤洋（大东俊介 饰）又对他反目成仇，暴力相向。与此同时，国内不断有姓佐藤的人因各种原因死亡，似乎他的生命也正受到威胁。在某次冲突中，翼在众人面前离奇消失，睁开眼却发现自己处于一个平行的世界。在这里，日本变成一个君主专制的国家，拥有至高无上权力的国王出于某种目的针对姓佐藤的人展开为期一周的捉迷藏游戏。佐藤们在游戏时间内必须全力逃跑，躲开鬼的追逐，一旦被抓住就只有死路一条……