在第2季中，将会有新的敌人出现在主角大门界人的面前，故事将继续围绕“Orphism Order”和“Phi Brain”之谜展开，并且随着这些谜题的越发悬疑，界人的战斗热情也越发高涨。将会有怎样的命运等待着界人，界人与同伴间的羁绊又会如何呢？相信这一切都将会在第2季中得到解答。
时为公元二二〇五年。是以改变历史为目的的“历史修正主义者”开始对过去实施攻击的时代。被赋予了守护历史这一使命的“审神者”，由他们所唤起的最强付丧神“刀剑男士”。这是，他们以“某个本丸”为舞台，一心一意、开朗明快地生活的“花丸”物语——
自9·11以来，人类社会在堕落和灭亡的道路上高歌猛进。2013年，莫斯科、伦敦、上海、东京等国际大都会接连发生等级超越9·11的恐怖袭击事件，世界局势危在旦夕。圣火在东京一隅的少年岛村乔（宫野真守 饰），其真实身份是编号为009的人造人，他诞生的初衷便是保护世界和平。如今消除了往昔记忆的他再也无法独善其身，经过一系列的波折，终于和当年的伙伴们001伊凡·维斯基（玉川砂记子 配音）、002杰特·林格（小野大辅 配音）、003法兰索娃·阿尔达努（斋藤千和 配音）、004艾柏特·海因利希（大川透 配音）、005索罗门·索尼亚（丹泽晃之 配音）、006张张胡（增冈太郎 配音）、007葛雷特·布林顿（吉野裕行 配音）会面。拥有超人一般能力的他们，面临前所未有的挑战……
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拥有健全感性的善良人市川京太郎，对位于食物链顶点的美少女山田杏奈在意得不得了。通过观察发现山田意外的一面…!? 虽然完全不知道在想什么不过非常贪吃，不如说除了吃根本什么都没在想，简直是个脑袋空空的人型母猪。理应不会缩短的两人间的距离，奇迹会发生吗!? 就这样京太郎的青春，正非常安静地发生变化……
江户时代，天下太平，只有人性之恶在蠢蠢欲动。岩本虎眼（加藤精三 配音）是被称为“绝世剑士”的优秀剑客，他的道场也成为了天下习剑之人梦寐以求的圣地。在道场中，有两个人的名字不得不提，一个是自幼被虎眼捡来抚养成人的藤木源之助（浪川大辅 配音），同时，他也是最有希望成为道场继 承人的人选。另一个，则是半路杀出的伊良子清玄（佐佐木望 配音），虽然他的资历尚浅，但其优越的武术才能使他成为了源之助的强劲对手，虎眼的女儿岩本三重（桑岛法子）亦对他有着深深的爱慕。这时，一个邪恶的命令被传达了，本来应使用木剑进行的御前比试，被改为了使用真剑。只要能在御前比试中夺得头筹，即可享有无上的荣耀。本来就暗中较劲的藤木源之助和伊良子清玄，他们之间血与肉的厮杀即将展开。
