故事重返上世纪90年代，终极反派宇宙大帝（科尔曼·多明戈 Colman Domingo 配音）从天而降，驱使以天灾（彼特·丁拉基 Peter Dinklage 配音）为首的恐惧兽掀起地球危机。绝境之中，蛰伏许久的巨无霸终觉醒，联合汽车人变形出发，一场前所未有的决战即将上演。
《蜘蛛侠：英雄无归》是英雄系列三部曲的完结篇，也标志着漫威多元宇宙的正式开启。此次，蜘蛛侠（汤姆·赫兰德 饰）与奇异博士（本尼迪克特·康伯巴奇 饰）继《复联4》后再度联手打响时空混战。蜘蛛侠借助奇异博士操控时空的能力打开了时空通道，引发了前所未见的危机。
两个小孩和他们的父母在修理宇宙飞船时帮助三只变成友好狗的外星人逃离当地 UFO 猎人的魔爪。
多年过去人死后的意识能够通过专业设备提取并且上传到一个虚拟的世界当中继续生活，而这一技术为邵彦蓝的储灵公司所掌握。十年后邵彦蓝突然去世，此后由老邵总曾经的助手袁忠主导公司运营，此期间邵总女儿邵菲一面在在虚拟空间中寻找老邵总的意识，一面怀疑老邵总的死与袁忠有关，并借着赵拓的兄弟丁威的帮助已经暗暗调查了袁忠三年。就在管理层在为老邵总的独女邵菲继任董事长争论不止时，缺突然传来邵菲突然自杀的消息……技术宅赵拓是储灵公司程序员之一，负责设计虚拟空间和编写程序，在去医院看望昏迷中的邵菲后发现她的意识已经上传到空间中，赵拓穿梭与现实和虚拟空间，执着的调查真相。并与玩世不恭的神级玩家大条邱联手，毁灭了阴谋。
二战期间，无敌队长用他的超能力对抗纳粹，堪称英雄。但后来他被怀疑支持共产党，于是退居澳大利亚。如今，美国一件超级秘密武器被盗，他被派回澳大利亚帮忙。然而，他现在成了酒鬼……——模仿超级英雄漫画。
利用《电子战场2》留下的片段和一条非常细的故事线，亚历克斯再次与1998年在非洲东部的机器人雇佣兵作战。这一次，亚历克斯发现她有20个半姐妹正在等她回到2077年。中央司令部希望亚历克斯被活捉并扫描，看看她的DNA是否比正常的DNA更强更有力。但是亚历克斯可能太苛刻了，不值得去捕捉。
