上一部结尾，尼奥（基奴李维斯 饰）终于意识到自己的能力和使命，中弹复活后，变成了无所不能的“救世主”，他和女友崔妮蒂（凯莉·安·摩丝 饰），舰长墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩 饰）回到了人类的基地锡安，受到人们的热烈欢迎。此时，“母体”决定先下手为强，派出了两万五千只电子乌贼攻击锡安基地；墨菲斯、尼奥和崔妮蒂则再次进入“母体”，寻找“制钥者”，准备从内部破坏；而本该被尼奥消灭的特勤史密斯似乎出了点问题，脱离了“母体”的控制，拥有可怕的复制能力，阻碍尼奥他们的行动。
海岛渔民邵风和朋友一起在海上意外捕获一只形态奇异的小章鱼，从而引来了基因公司老板和另外一股神秘集团的追踪。邵风与科学研究者女友刘子墨也被迫卷入这场风波，一齐遭到了巨型变异章鱼对人类的攻击。为了维护海洋生态和平邵风与子墨联手，决心阻止人类贪婪的基因实验计划..........
难得一见的流星雨即将在俄罗斯上空出现，青年男女们兴奋非常，纷纷走上街头见证着历史性的一刻。美丽女孩尤利娅（伊琳娜·斯达森保姆 Irina Starshenbaum 饰）不顾身为军官的父亲的反对，执意和特姆（亚历山大·佩特罗夫 Alexander Petrov 饰）交往。在流星雨来的这天，他们躲在一隅偷欢，却不知莫大的危机正在袭来。一艘外星飞船遭到意外，结果又被俄罗斯空军击中。它在迫降的过程中给莫斯科造成毁灭性的打击，而尤利娅的闺蜜也在灾难中丧生。在此之后，尤利娅和朋友们闯入禁区，遭遇了外星人。阴差阳错，她决定救治受重伤的外星飞行员汉克（林奈·穆罕默托夫 Rinal Mukhametov 饰），而特姆等憎恶外星人带来的灾难，对汉克恨之入骨。
在围剿斯克鲁人的战斗中，克里人星际战队成员弗斯（布丽·拉尔森 Brie Larson 饰）不幸成为对方的俘虏。斯克鲁人尝试探究弗斯的记忆，最终发现连弗斯本人都不知道的一段往事，进而也得知名为温迪•劳森博士的女子掌握着他们急于得到的时空引擎。趁对方不备，拥有强大超能力的弗斯摆脱束缚，逃到了代号为C-53的地球，而这里也正是她那段失落的记忆的发生地。未过多久，神盾局探员弗瑞特工（塞缪尔·杰克逊 Samuel L. Jackson 饰）找上门来，而紧随其后的斯克鲁人更是引发了地球人前所未见的大骚动。
工作失意，婚姻暗淡，人生正值低潮的摩根·苏利文（杰瑞米·诺森 Jeremy Northam 饰）无时无刻不在渴望一种全新、精彩的生活。偶然机会，他成为高科技数码公司Digicorp的雇员。在培训期间，他接受公司的洗脑并且有了全新的身份，从此他游走世界各地，不断窃取Digicorp的主要对手Sunways的商业机密。在某次执行任务时，他邂逅了带有神秘气质的女郎丽塔（刘裕玲 Lucy Liu 饰）。摩根从她口中得知发生在自己身上的一切，并以此为契机成为一名双料间谍，然而他的人生也开始朝着失控的方向疯狂驶去…… 本片荣获2003年布鲁塞尔奇幻电影节金鸦奖；2003年葡萄牙国际电影节最佳男主角奖（Jeremy Northam）、最佳特效奖和评审团特别奖。
俄亥俄州赫灵顿高中，似乎就在一夜之间，学校的老师以及部分优等生就变得十分奇怪。原本态度和蔼的他们如今冷峻阴森，而这种情况似乎愈演愈烈。
在不遠的將來，每年十位世上最致命的死刑犯，將會在「侏羅 紀遊戲」競爭以獲得自由。在這場電視實境秀中，參賽者必須對抗兇猛的恐龍和毫不留情的對手，最後的倖存者將獲得前所未有的自由、名望和財富！
