将施奈德回老家之后，四只原本亲如兄弟的神龟由于没有了敌人，于是不再想以往一样一起战斗，而是各自在喜欢的领域内钻研，以往一起行动的忍者神龟们变成了四个独来独往的“独行侠”！这时，纽约市中发生一连窜的怪事。原来实业家马克西米林安•J•威特斯意图征服纽约市，秘密培养了一支远古怪兽组成的军队，加上恶名昭彰的忍者组织Foot Clan，各种黑暗势力又在城市的角落里蠢蠢欲动！神龟们又处于备战状态了！他们再次联合起来，准备向黑暗势力出击！
童年时期的一个盛夏，女孩子面码（茅野爱衣 配音）死于意外。这件突如其来的死亡事件，深深刺痛了她的五个儿时玩伴——仁太、安鸣、雪集、鹤见子以及波波。六人组成的秘密基地“超和平Busters”就此解散，活着的五人带着无法弥补的创伤各自疏远各自长大。十年后，面码居然以一种只有仁太能看见的形式，带着一个想要实现的愿望回来了。
“我被冥界拉黑了，所以死不了。”因为某种原因，他被冥界禁止入内，无法回归冥界。为了回到冥界，他开始将幽灵拥有的“灯火”收集到自己的灯笼里。这个神秘的“自称仙人”——鼹鼠（百暗桃弓木），行踪诡异。据说，遇到他的人会开始看见一些奇怪的事物……
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这日柯南、小兰一行人来到米花市市政大厅，一场有关最新游戏“茧”的发布会正在这里召开。由于迥异于以往任何一款游戏的“茧”可能一举改变全球游戏业界的价值观，发布会吸引了代表日本上流社会的政治、财经、演艺界人士，50名游戏体验者也多是他们的后代，新一的父亲、推理小说大师工藤优作由于参与故事编写，也来到现场。这边热热闹闹，游戏的研发者兼负责人坚村却被杀于地下室。坚村死前留在键盘J、T、R上的血迹令柯南想到答案可能在游戏中，他利用优作的关系加入了体验者队伍，小兰、灰原哀等人也拿到了体验入场券。 50名体验者刚分别进入一个外型酷似蚕茧的“大型胶囊”，游戏即被自称“诺亚方舟”的人工智能控制，“诺亚方舟”称游戏将提供5个完全真实的历史场景，体验者可选择其中之一进入，被淘汰会进入休眠状态，若最后无人走到终点，他们的大脑组织皆会被摧毁，此举是为令日本社会重生。柯南一行及几个骄横无礼的上流社会公子哥进入的是19世纪伦敦的贝克街，那里杀人犯开膛手杰克正在兴风作浪，他身上正有柯南要找的答案！而优作也在现实中正对案件展开调查。
一位自称良子的美女，委托绰号“悟空”的原刑警风林寺悟空在3天内找到她的哥哥。对这件事感到不快的悟空，不久得到了她的哥哥龙已于15年前死亡的消息。但良子坚持哥哥还活着。就像她说的那样，龙变成了兽人化状态的机器人，继续活着…...本片是寺泽武一原作漫画改编的硬科幻OVA《午夜之眼》第2部。和前作一样，导演依然由动画版《妖兽都市》的川尻善昭担任。
一个普通而不幸的高中生陆有一天收到了外国私立大学卡塞尔学院的录取通知书。在犹豫和犹豫之后，鲁决定一探究竟。至此，他踏入了“龙”存在的世界，他的生活发生了翻天覆地的变化，他踏上了“屠龙”之旅。
“没有名字的我，没有未来的她”
在防卫队长官·四之宫功的判断下，日比野卡夫卡逃过了被做成武器的命运，但依然处于被关押状态。在第三部队的新人们接到调动命令，纷纷赶赴各自要去往的新部队时，率领第一部队的最强者·鸣海弦出现在了卡夫卡面前。鸣海表示不需要作为队员的卡夫卡，为了让他认可自己，卡夫卡必须直面“怪兽8号”那过于强大的力量。但与此同时，“怪兽9号”的威胁也在暗中逼近…
某一天，拥有“魔王要素”的魔王候补春日新无意中触碰了三位一体七人之一的莉莉丝麻美所著的魔法书《赫尔墨斯外典》，一名被耀眼光芒笼罩的神秘少女出现了。 。一个名叫“莉莉姆”的女孩，视新和莉莉丝为父母。然而，就在女孩出现的同时，世界却发生了奇怪的事情。禁忌“永恒的图书馆”的觉醒。炼金术的终极产物——人类亲手打造的“白魔王”被封印在那里。 “白魔王”为了成为真正的魔王，密谋消灭新和三位一体七人。面对拥有前所未有力量的“白魔王”，新和他的朋友们面临着世界的崩溃和绝望的危机。荒和三位一体七人能否保护这个世界？他们的最后一战现在开始！
