在人与妖怪之间过着忙碌日子的夏目,偶然与以前的同学结城重逢,由此回忆起了被妖怪缠身的苦涩记忆。此时,夏目认识了在归还名字的妖怪记忆中出现的女性·津村容莉枝。和玲子相识的她,现在和独子椋雄一同过着平稳的生活。夏目通过与他们的交流,心境也变得平和。但这对母子居住的城镇,却似乎潜伏着神秘的妖怪。在调查此事归来后,寄生于猫咪老师身体的“妖之种”,在藤原家的庭院中,一夜之间就长成树结出果实。而吃掉了与自己形状相似果实的猫咪老师,竟然分裂成了3个——!?
在祖灵突如其来的呼唤之下,莫阿娜(奥丽伊·卡瓦洛 Auli'i Cravalho 配音)、毛伊(道恩·强森 Dwayne Johnson 配音)和新船员们将启程航向大洋洲的彼端,一路深入危险未知的海域,面对一场前所未见的新冒险。
莱昂内尔·弗罗斯特爵士(休叔)认为自己是世界上最杰出的神话和怪物调查员,为了获得探险精英的认可,他前往美国西北太平洋地区以证明一种传说中生物Mr. Link(扎克)的存在,这是原始人类和现代人类之间缺失的一环。随后弗罗斯特、Link和探险家Adelina Fortnight(佐伊)踏上了寻找Link远亲的冒险之路。
萨米(比利·安格 Billy Unger 配音)和雷(卡洛斯·麦卡勒斯 Carlos McCullers II 配音)带着孙子艾拉(Shyloh Oostwald 配音)和瑞琪(Carter Hastings 配音)出海游玩,却不幸被人类的渔船捕获,它们的目的地是全球最豪华的人造水族馆,这也就意味着,一旦它们到达那里,就再也无法获得自由重回大海了。 龙虾露露(乔·托马斯 Joe Thomas 配音)、怪鱼金宝、小丑鱼塔茨,在船上,萨米和雷结识了一群和它们同病相怜的海洋生物们。它们不仅要在坚不可摧的穿上找到突破口,还必须提防野心勃勃的海马老大,这位狂妄武断的独裁者,它设计出的逃亡方案是否能够行得通呢?除此之外,失散的爷孙四人又能否再度团聚呢?
时空背景设定在2509年,地球不只与USG石村号(USG Ishimura)和伊萨克.克拉克失去了联系,同时也与派去救援他们的USB欧班农号(USB OBannon)失联。欧班农号上有四名船员存活了下来,但是没有人知道其他成员的下落,也没有人知道他们遇上了什么事情,更没有人知道他们究竟隐藏了什么样的秘密。这一切的一切,全都将透过《余波》来揭晓