在人与妖怪之间过着忙碌日子的夏目，偶然与以前的同学结城重逢，由此回忆起了被妖怪缠身的苦涩记忆。此时，夏目认识了在归还名字的妖怪记忆中出现的女性·津村容莉枝。和玲子相识的她，现在和独子椋雄一同过着平稳的生活。夏目通过与他们的交流，心境也变得平和。但这对母子居住的城镇，却似乎潜伏着神秘的妖怪。在调查此事归来后，寄生于猫咪老师身体的“妖之种”，在藤原家的庭院中，一夜之间就长成树结出果实。而吃掉了与自己形状相似果实的猫咪老师，竟然分裂成了3个——！？
在祖灵突如其来的呼唤之下，莫阿娜（奥丽伊·卡瓦洛 Auli'i Cravalho 配音）、毛伊（道恩·强森 Dwayne Johnson 配音）和新船员们将启程航向大洋洲的彼端，一路深入危险未知的海域，面对一场前所未见的新冒险。
莱昂内尔·弗罗斯特爵士(休叔)认为自己是世界上最杰出的神话和怪物调查员，为了获得探险精英的认可，他前往美国西北太平洋地区以证明一种传说中生物Mr. Link(扎克)的存在，这是原始人类和现代人类之间缺失的一环。随后弗罗斯特、Link和探险家Adelina Fortnight(佐伊)踏上了寻找Link远亲的冒险之路。
萨米（比利·安格 Billy Unger 配音）和雷（卡洛斯·麦卡勒斯 Carlos McCullers II 配音）带着孙子艾拉（Shyloh Oostwald 配音）和瑞琪（Carter Hastings 配音）出海游玩，却不幸被人类的渔船捕获，它们的目的地是全球最豪华的人造水族馆，这也就意味着，一旦它们到达那里，就再也无法获得自由重回大海了。 龙虾露露（乔·托马斯 Joe Thomas 配音）、怪鱼金宝、小丑鱼塔茨，在船上，萨米和雷结识了一群和它们同病相怜的海洋生物们。它们不仅要在坚不可摧的穿上找到突破口，还必须提防野心勃勃的海马老大，这位狂妄武断的独裁者，它设计出的逃亡方案是否能够行得通呢？除此之外，失散的爷孙四人又能否再度团聚呢？
时空背景设定在2509年，地球不只与USG石村号（USG Ishimura）和伊萨克．克拉克失去了联系，同时也与派去救援他们的USB欧班农号（USB OBannon）失联。欧班农号上有四名船员存活了下来，但是没有人知道其他成员的下落，也没有人知道他们遇上了什么事情，更没有人知道他们究竟隐藏了什么样的秘密。这一切的一切，全都将透过《余波》来揭晓
