故事发生在名为恩典农场的孤儿院内，在这里生活着很多失去了亲人，无家可归的孩子们，他们共有36人，每天，在劳作和玩耍之余，孩子们还要进行学习和测验，其中，佼佼者是名为艾玛（诸星堇 配音）的女孩和名为诺曼（内田真礼 配音）的男孩。负责管理和看护这些孩子们的女性名叫伊莎贝拉（甲斐田裕子 配音），孩子们喜欢喊她“妈妈”。每过一段时间，都会有一个孩子被收养离开农场，生活在这里的孩子们都将此作为自己的人生目标。
在總計超過 90 名成員的北宇治高中吹奏樂部中，擔任部長的黄前久美子，為了那悲願的全國大會金獎，開始了高中生活最後的吹奏樂部活動。
曾几何时，神秘生物奇居子入侵太阳系，致使人类流离失所，只能乘坐行星般大小的巨型飞船希德尼娅流浪在茫茫宇宙中。如是过了漫长的一千年，而今希德尼娅的居民们已有一百年未曾遭遇奇居子，不过他们从未放松警惕，培养了一代又一代操纵人形兵器“卫人”的驾驶员。某天，居住在地下的青年谷风长道（逢坂良太 配音）迫于饥饿爬到地面，偷米后被人抓住，后在舰长（大原沙耶香 配音）的授意下成为卫人驾驶员第628期的训练生，在这里他见到了有过一面之缘的善良女孩星白闲（洲崎绫 配音）、友好的第三性人科户濑伊扎那（丰崎爱生 配音）以及高傲刚愎的岐神海苔夫（樱井孝宏 配音）等人。未几，少年们外出执行采集任务，甚至却遭逢百年不见的奇居子。沉寂已久的宇宙战争再度拉开帷幕……
